Cuando el agente Ellis intentó infiltrarse en la operación de narcóticos que el grupo de Rhoemer llevaba en Costa Rica, fue descubierto y ejecutado por la ex agente de la KGB, Mara Aramov. Rhoemer ordenó a su teniente Anton Girdeux, un terrorista francés, a quemar la plantación para ocultar la evidencia de la investigación Syphon Filter. Después de esto, Gabe y Lian se dirigen hasta Khumbu, Nepal, donde otro brote surgió y encuentran que en 100 kilómetros a la redonda de la Aldea Sherpa han fallecido miles, pero quedan algunos conscientes.
Rhoemer y su organización terrorista, intentarán extorsionar a los gobiernos más poderosos del mundo por medio de este virus.
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